一、标本采集、转运和贮存
1.应尽可能选取附着黏液、脓液、血液的新鲜异常粪便（宜多个部位留取，蚕豆大小），并避免尿液和异物（如卫生纸、花露水、强力清洁剂、除臭剂等）污染。采集后的标本宜在1h内（夏季）或2h内（冬季）送检。
2.粪便隐血试验宜连续3天每天送检标本（适用时），每次采集粪便2个部位的标本送检（置于同一标本容器中）。不可使用直肠指检标本。
3.进行细菌检查的标本应在发病初期和使用抗生素前采集，腹泻患者标本应在急性期（3天内）采集。进行厌氧菌培养的标本应尽快送检，必要时在床旁接种。
4.查原虫滋养体的标本应留取含脓血的稀软粪便，排便后立即检查，冬季需要采取保温措施送检；查蛲虫卵时，在子夜或早晨排便前用肛拭子在肛周皱襞处采集标本；查血吸虫毛蚴时，应至少采集30g新鲜粪便；查寄生虫虫体及虫卵计数时，应收集24h粪便。
二、粪便隐血试验
1.粪便隐血试验检测方法有化学法和免疫法，不同方法的灵敏度和特异性存在差异，实验室在选用新方法前应明确其分析性能。当一种方法的检测结果与临床不符时，宜采用另一种方法进行验证。
2.应按试剂说明书要求的比例使用稀释液或等渗盐水对标本进行稀释。当明显柏油样标本的检测结果呈阴性时，应调整稀释倍数后再次进行检测。
3.检测临床标本前应至少进行阴性和弱阳性水平的室内质控并保证结果在控。应按说明书规定的时间和标准进行结果判断。
三、涂片检查
1.应使用洁净的载玻片和新鲜等渗盐水制备标本涂片，涂片应厚薄适宜，以能透视纸上字迹为宜，加盖玻片。必要时进行染色（如白细胞检查时宜使用亚甲蓝染色）。
2.应按“城垛”式顺序，先用低倍镜观察全片，再用高倍镜观察10个以上视野，查找各种细胞、寄生虫卵、真菌、细菌和原虫等病理成分。
3.查见寄生虫卵时，应描述虫卵的形态特征。遇到可疑虫卵或罕见虫卵时应请上级检验人员复核，或送至技术水平更高的实验室进行确认。使用集卵法（适用于各种虫卵）、饱和盐水漂浮法（适用于检出钩虫卵）、离心沉淀法或自然沉淀法处理标本可提高寄生虫卵的检出率。
4.结果报告应报告有无病理成分，如各种细胞、寄生虫及虫卵、真菌和原虫等，细胞以“最低数～最高数/HP”进行报告。