（1）消化道大出血：克罗恩病病变范围可累及整个消化系统，包括食管、胃、大肠、小肠。病变累及血管则出血，病变在食管和胃则呕血，病变在直肠则便血，出血量与所累及血管的粗细和血管压力有关，血管越粗，出血量越大，甚至还会出现晕厥。如果哪天发现自己大便变黑，呈暗红色，或呕血，就要考虑可能合并消化道出血。
（2）肠管狭窄并梗阻：克罗恩病因为病变可以累及肠壁全层，所以容易导致肠腔狭窄，狭窄厉害就会导致梗阻，表现为腹痛、腹胀。当出现进食后（尤其是饱餐后）腹胀、腹痛，排便或排气后腹痛减轻，病变厉害时排便、排气停止时，就需要怀疑并发肠梗阻了。
（3）肠穿孔：急性肠穿孔表现为突发肚子痛，按压全腹部均有压痛。慢性肠穿孔则肠穿孔至相邻器官（如小肠、大肠、膀胱、子宫和阴道等）形成内瘘；如穿孔到膀胱，则变为肠道膀胱瘘，表现为排尿时可解出大便来；如穿孔到子宫和阴道，则形成肠道子宫阴道瘘，阴道会流出大便；如穿孔到胃形成内瘘，则呕吐时会带有大便样物等。
（4）腹腔脓肿：肠道溃疡病变较深可导致肠瘘，位置可在病变肠管附近，也可于远离病变肠管处（如腹壁、腹腔内、肠系膜、肝及髂腰肌等）形成脓肿。触摸腹部，表现为局部压痛明显，并能触及包块。
（5）肛裂、肛瘘、肛周脓肿：如果出现肛周疼痛以及便后解鲜血（部分可伴有脓液流出），厉害时肛周有一脓包样肿块等情况，则需要怀疑合并肛裂、肛瘘和肛周脓肿，应到肛肠外科就诊。
（6）癌变：病变发生在结肠和直肠，尤其是肠管狭窄处和肠瘘部位，如果长时间不愈合就有可能发生癌变。