检查评估是克罗恩病肛周瘘管治疗的关键环节，因为检查结果影响治疗策略。目前已有多种检查肛周瘘管方法相继报道，包括麻醉下检查（EUA）、瘘管造影、内镜超声或磁共振成像（MRI）。考虑到受影响肠段的炎症决定是否药物治疗与手术引流相结合，内镜结合瘘管解剖定位是最好的方法。
其中EUA对肛周瘘管诊断准确率比较高（可达90%）。它拥有检查、手术治疗同时进行的优势，但术前必须获得患者的知情同意，以防出现预期以外的发现。脓肿是引起肛周疼痛的最主要病因。如果存在脓肿或怀疑有脓肿，首选的治疗方式是EUA并进行手术引流，这样可以预防未引流脓肿的破坏性作用。不应该推迟到MRI后才进行引流，除非MRI马上可以进行。不过，与EUA相比，磁共振成像具有76%-％的准确性，并可能提供额外的信息。直肠超声有56%-％的准确性，特别是由专家操作并结合过氧化氢强化下的超声检查。这些方法都可以结合内镜来评估是否存在直肠乙状结肠炎症。根据经验表明，如果不治疗潜在的、活动的疾病，瘘管的治疗不会成功。